まず、期限後確定申告では、無申告加算税というペナルティーが科せられます。
　科せられる税額は、本来納めるべき税額に対して50万円までの部分については15％、50万円を超えた部分については20％となります。

　ただし、自主的に期限後確定申告をした場合には、本来納付すべき税額に対して科せられる税率は5％になります。
　また、一定の場合には無申告加算税が課せられません。

　期限後確定申告の場合には当然税金の納付も遅れることになるため、延滞税も科せられます。
　科せられる税額は、本来の納付期限から2ヶ月以内ですと、本来納付すべき税額に対して7.3％若しくは特例基準割合＋1％のいずれか低い方が日割りで適用されます。
　2ヶ月を超えると、14.6％若しくは特例基準割合＋7.3％のいずれか低い方が科されます。

　因みに、2024年1月1日から12月31日の間に科される税率は、2ヶ月以内は2.4％、2ヶ月を超えた部分は8.7％となります。

　青色申告の場合、青色申告特別控除額は最大で65万円使え、この65万円は個人の所得税や住民税の計算上、経費のような扱いになりますので、仮に税率が30％の場合には、65万円×30％＝19.5万円税金が安くなります。

　しかし、期限後確定申告の場合には、当該青色申告特別控除は最大で10万円までしか使えません。
　そうしますと、上の例で期限後申告ですと、最大で（65万円－10万円）×30％＝16.5万円も損をすることになります。